تم اعتقال عبدالفتاح خضر فى فبراير 2014 على ذمة عدد من القضايا ، والشيخ يعانى من التهاب حاد فى البروستاتا ونزيف مستمر والتهاب فقرات العمود الفقري مما يمنعه من السير أو النوم ويحتاج لإجراء جراحة عاجلة وتم نقله لمستشفى جراحات اليوم الواحد بوادي النطرون مؤخراً